تعمل على تطوير أصناف جديدة من القطن عالية الإنتاجية والمواصفات التكنولوجية وتحديث طرق إنتاجه لا سيما فيما يتعلق بطرق الري والمكافحة الحيوية للآفات الحشرية وترشيد استخدام المبيدات والأسمدة.
وتتكون من الأقسام التالية:
- قسم المعاملات الزراعية
- قسم المكننة الزراعية.
- قسم تكنولوجيا القطن والمراقبة.
- قسم بحوث التربية والمحافظة على الأصناف.
- قسم وقاية القطن.