تتكون إدارة بحوث وقاية النبات من الأقسام التالية:

أولاً- قسم بحوث أمراض النبات ويتولى:

1- حصر وتحديد أمراض النبات وتقدير أهميتها الاقتصادية وإجراء دراسات التنبؤ مع رسم خرائط انتشارها.
2- العوامل المساعدة على ظهور الأمراض.
3- دراسة تحمل ومقاومة الأصناف تحت ظروف العدوى الطبيعية والاصطناعية.
4- تأثير المعاملات الزراعية ودورها في الحد من انتشار الأمراض.
5- تحليل العينات المرضية الواردة من الجهات الرسمية والفلاحين.
6- إجراء البحوث على تأثير المبيدات الزراعية الفطرية المختلفة في الأعداء الحيوية.
7- تقييم كفاءة استخدام المستخلصات النباتية على الأمراض.
8- المكافحة الحيوية للأمراض النباتية.
9- إنتاج مصل لتشخيص الأمراض الفيروسية والبكتيرية.
10- دراسة الحمولة المرضية على بذور المحاصيل والأشجار والخضار ودورها في حدوث الأوبئة وانتشار الأمراض.
11- أمراض المنتجات الزراعية المخزونة وتحديد مسبباتها والمواد السامة التي تنتجها.
12- التفتيش عن مورثات مقاومة للأمراض النباتية.
13- القيام بما تكلف به من أعمال أخرى.

ثانياً- قسم بحوث الحشرات ويتولى:

1- تقصي انتشار الحشرات وأعداءها الحيوية وتعنيفها.
2- تحديد العتبات الاقتصادية الحرجة لأهم الآفات.
3- تأثير العمليات الزراعية ودورها في الحد من انتشار الحشرات الاقتصادية.
4- صيانة وحفظ الأعداء الحيوية وتربيتها ودراسة كفاءتها.
5- دراسة وبائية الحشرات وطرائق مكافحتها.
6- دراسة الحشرات على المنتجات الزراعية بعد الحصاد ومكافحتها.
7- إجراء البحوث على تأثير المبيدات الزراعية المختلفة على الأعداء الحيوية.
8- إجراء مسح شامل لسلالات النحل وتطويرها.
9- مراعي النحل .
10- آفات النحل وطرائق مكافحتها.
11- دودة الحرير وتطويرها وإنتاجها وطرائق مكافحة آفاتها.
12- تقييم مكافئة استخدام المستخلصات النباتية على الحشرات.
13- إقامة متحف خاص بالحشرات الموجودة في الجمهورية العربية السورية.
14- القيام بما تكلف به من أعمال أخرى.

ثالثاً- قسم بحوث الآفات الحيوانية غير الحشرية ويتولى:

1- تقصي انتشار الآفات الحيوانية غير الحشرية وتصنيفها.
2- دراسة وبائية الآفات الحيوانية غير الحشرية والتنبؤ بها.
3- دراسة الأعداء الحيوية للآفات الحيوانية غير الحشرية وتقدير كفاءتها.
4- دراسة الأكاروسات على المنتجات الزراعية بعد الحصاد ومكافحتها.
5- إجراء البحوث على تأثير المبيدات الزراعية المختلفة على الأعداء الحيوية.
6- تقييم كفاءة استخدام المستخلصات النباتية على الأكاروسات وغيرها.
7- تأثير المعاملات الزراعية ودورها في الحد من أعداد الآفات الحيوانية الزراعية.
8- إنتاج حيوانات التجارب.
9- القيام بما تكلف به من أعمال أخرى.

رابعاً- قسم بحوث النيماتودا ويتولى:

1- تقصي انتشار النيماتودا الضارة على النبات وتصنيفها.
2- إيجاد برامج مكافحة متكاملة للنيماتودا الضارة.
3- تحديد العتبات الاقتصادية للنيماتودا ووبائيتها والتنبؤ بها.
4- إجراء البحوث على تأثير المبيدات الزراعية النيماتودية على الأعداء الحيوية.
5- القيام بما تكلف به من أعمال أخرى.

خامساً- قسم بحوث الأعشاب الضارة ويتولى:

1- تقصي انتشار الأعشاب الضارة والطفيلية وتصنيفها.
2- المكافحة المتكاملة للأعشاب الضارة.
3- دراسة وبائية الأعشاب الضارة وطرائق انتشارها.
4- تحديد العتبات الاقتصادية.
5- إجراء الدراسات والبحوث على تأثير المعاملات الزراعية في الحد من انتشار الأعشاب الضارة.
6- تقييم كفاءة استخدام المستخلصات النباتية والمبيدات المتخصصة على الأعشاب.
7- القيام بما تكلف به من أعمال أخرى.

سادساً- قسم بحوث واختبار المبيدات ويتولى:

1- إجراء البحوث والاختبارات الحقلية والمخبرية لتقييم فعالية المبيدات الزراعية و مواد المكافحة الأخرى – معدلات ومواعيد الاستخدام – على الآفات الزراعية في أطوارها المختلفة تحت الظروف البيئية المحلية.
2- إجراء دراسات وأبحاث السمية النباتية للمبيدات وزيوت الرش الزراعية والمواد الأخرى على المحاصيل المختلفة.
3- إجراء دراسات وأبحاث على ظاهرة مقاومة الآفات المختلفة للمبيدات الزراعية المستخدمة.
4- ترشيد استخدام المبيدات.
5- استلام عينات المبيدات والوثائق المطلوبة لتسجيل واعتماد المبيدات الزراعية وزيوت الرش والمواد الناشرة و اللاصقة والفورمونات بأنواعها والمواد الطاردة والجاذبة ومانعات التخثر والتغذية والانسلاخ, النشرات الفنية , شهادة المنشأ, شهادات التسجيل….الخ.
6- القيام بما تكلف به من أعمال أخرى.

سابعاً- قسم بحوث تحليل المبيدات والأثر المتبقي ويتولى:

1- إجراء التحاليل الكيمائية المختلفة لمكونات المستحضرات التجارية للمبيدات والزيوت الزراعية والمواد الناشرة اللاصقة.
2- اختبار المواصفات الفيزيائية للمبيدات والزيوت الزراعية.
3- إجراء البحوث المتعلقة بالأثر المتبقي للمبيدات الحديثة والمواد الأخرى والمستخدمة في الجمهورية العربية السورية على البيئة والنبات تحت الظروف البيئية المحلية.
4- إجراء الدراسات والبحوث على تلوث المنتجات الزراعية والحيوانية الطازجة والمخزونة في السوق المحلية لبقايا المبيدات.
5- إجراء البحوث المتعلقة ببقايا المبيدات في عناصر البيئة المختلفة : تربة – ماء – هواء.
6- تحليل العينات الواردة من الجهات الأخرى من داخل الهيئة أو خارجها.
7- القيام بما يكلف به من أعمال أخرى.
ويمثل الإدارة في كل مركز من مراكز البحوث في المحافظات دائرة وقاية.